Das Trinationale Umweltzentrum versteht sich als Verein, in dem sich alle Interessensgruppen gleichberechtigt für den Natur- und Umweltschutz einsetzen können, und dessen Zielsetzungen und Funktionsweisen trinational ausgerichtet sind. Die Vereinsstruktur des TRUZ und seine Arbeitsweise wurden so angelegt, dass sie diesen Anspruch erfüllen.